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les séquences de plusieurs dizaines de gènes et protéines ont été comparées

Un programme d’alignement – comme par exemple T-Coffee ou MUSCLE – a comparé les séquences une à une, lettre par lettre, et les a placées l’une sous l’autre pour mettre en évidence les ressemblances ou les dissemblances. Les motifs qui se répètent comme les identités entre les séquences peuvent être encore mieux visualisés en les coloriant avec un programme éditeur, comme par exemple Gene-Doc. Ces alignements sont utilisés, entre autres, pour construire des arbres phylogénétiques.